2006年度国家科学技术学术著作出版基金办公室（以下简称基金办）共收到申请项目203项，经形式审查合格190项。此次评审方式与2005年相同，采取自然科学基金委小同行评议和综合评定两个步骤的评审方式。自然科学基金委组织了50名专家，分成四个组对项目进行了综合评审，并按组对项目进行了打分和排序。经评审，2006年度进入专家组评审会的项目共141项。

　　基金办根据自然科学基金委提供的排序结果，分数理科学、化学科学、生命科学（医药）、生命科学（农林）、地球科学、材料与工程科学、信息科学和管理科学八个领域进行了排序。最终遴选出69个项目。